I januari 2000, en månad efter att Hugo Hanséns första teaterproduktion haft premiär, sade han upp sig från sin doktorandtjänst i företagsekonomi på Uppsala universitet för att istället satsa på regissörsbanan. Han studerade teaterregi på Dramatiska Institutet mellan 2003 och 2007.

På Stockholms Stadsteater har han bl a regisserat Fassbinders Petra von Kants bittra tårar, Shopping and Fucking av Mark Ravenhill, Rött och Grönt av Astrid Saalbach, Ingmar Bergmans Persona, Marias testamente av Colm Tóibín, Natascha Kampusch, och musikalen Spring Awakening. På Göta Lejon har han iscensatt Hedwig and the Angry Inch med Ola Salo, och på Oscarsteatern Into the Woods. Han har också satt upp Natten är dagens mor på Uppsala stadsteater.

Hugo har gästat Malmö Stadsteater två gånger tidigare; 2009 regisserade han Skimmer på Intiman, och 2014 Cabaret på Hipp.

Hugo Hansén har tilldelats Sigvard och Marianne Bernadottes kulturstipendium