Maria föddes i Kuopio, Finland och studerade vid Teatergymnasiet i Helsingfors 1986–1989. Hon fick sitt genombrott i Jan Troells Il Capitano 1991. Tio år senare återförenades hon med Troell i den flerfaldigt Guldbaggebelönade filmen Så vit som en snö.

Maria Heiskanen belönades 2009 med Guldbaggen för bästa kvinnliga huvudroll för sin insats i Jan Troells film Maria Larssons eviga ögonblick. Hon erhöll även Nils-Petter Sundgrens pris Guldsolen i TV4 Nyhetsmorgon samt belönades med priset för bästa kvinnliga huvudroll i Valladolid International Film Festival för samma insats.
  
Under de senaste åren har hon även medverkat i långfilmer som Rööperi av Aleksi Mäkelä, Ljus i skymningen av Aki Kaurismäki, Hus i helvete av Susan Taslimi samt i TV-produktioner som Tusenbröder av Erik Leijonborg.

På teaterscenen har man kunnat se henne i Tjechovs Måsen i regi av Lars Norén på Riksteatern samt i Vildhundarna av Hans Renhäll i regi av Eva Molin på Dramaten i Stockholm. Maria har även medverkat i flera andra uppsättningar för Riksteatern och Unga Riks, bl a Natthärbärget av Gorkij i regi av Göran Stangertz