Jonathan Larson tilldelades 1996 Pulitzer-priset i kategorin drama för RENT. Han vann också 1996 en Tony Award för bästa musikal, och 1994 Richard Rodgers Award för RENT. Två gånger tilldelades han The Gilman & Gonzales-Falla Theatre Foundations Comendation Award. 1989 belönades han med Stephen Sondheim Award på American Music Theatre Festival, där han bidrog till musikalen Sitting on the Edge of the Future. 1988 vann han Richard Rodgers Development Grant för sin rockmusikal Superbia, som sattes upp på Playwrights Horizon. Han komponerade partituren till musikalen J.P. Morgan Saves the Nation, som presenterades av En Garde Arts 1995. Jonathan Larson framförde sin rockmonolog tick, tick... BOOM! på Second Stage Theatre, The Village Gate och New York Theatre Workshop. Förutom text och låtskrivande för Sesame Street, skapade han musik till ett antal barnbokskassetter, inklusive Steven Spielbergs An American Tail och Land Before Time. Annan filmmusik inkluderar arbete för Rolling Stones utgivare Jann Wenner. Han skapade, regisserade och skrev fyra originallåtar till Away We Go!, en musikvideo för barn. RENT, hans rockopera baserad på La Boheme, hade världspremiär den 13 februari 1996 på New York Theatre Workshop.

Jonathan Larson dog oväntat av ett aortaaneurysm den 25 januari 1996, tio dagar före sin 36-årsdag och dagen innan RENT skulle ha sin första preview off-Broadway. Hans musik (inklusive låtar klippta från hans shower) är arkiverad i Library of Congress.